外周免疫器官是成熟淋巴细胞定居的场所，也是这些细胞接受抗原刺激，发生 免疫应答的部位。主要包括淋巴结、脾脏和粘膜相关的淋巴组织。
免疫应答：是指机体受抗原性异物刺激后，体内免疫细胞发生一系列反应以排除抗原性异物的生理过程。主要包括抗原呈递细胞对抗原的加工、处理和呈递，以及抗原特异性淋巴细胞识别抗原后自身活化、增殖、分化，进而产生免疫效应的过程。它的生物学意义在于及时清除体内抗原性异物以保持内环境的相对稳定。但在某些情况下， 免疫应答也可对机体造成损伤，引起超敏反应或其它免疫相关性疾病。
免疫应答根据其效应机制，可分为B细胞介导的体液免疫和T细胞介导的细胞免疫两种类型。 免疫应答是在多种免疫细胞和免疫分子参与下发生的复杂过程，可以人为地分为三个阶段：感应阶段，反应阶段和效应阶段。这三个阶段是紧密相关的连续过程。乙肝患者因为不发生 免疫应答，所以没有抗体生成，病毒也就不能被有效清除。
免疫耐受：是指机体免疫系统接受某种抗原作用后产生的特异性免疫无应答状态，是 免疫应答的一种特殊类型。对某种抗原产生耐受的个体再次接受同一抗原刺激后，不能产生用常规方法可检测到的特异性体液免疫或细胞 免疫应答，但对其他抗原仍具有正常的 免疫应答能力。
引起 免疫耐受的抗原称为耐受原，由自身抗原诱导产生的 免疫耐受称为天然耐受或自身耐受，由外来抗原诱导产生的 免疫耐受称之为获得性耐受或人工诱导的耐受。正常 免疫耐受机制的建立对维持机体自身稳定和进行 免疫调节具有重要意义。乙肝患者正是由于长期处于 免疫耐受状态，所以病毒不能被有效清除。
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